Veamos un ejemplo para ver su utilización:
Generalmente para mostrar un alert utilizamos el siguiente código:
Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(this.GetType(), "key", "alert('hola');", true);
Bueno, este código no funciona en un user control que este dentro de un update panel, para que esto funcione debemos reemplazar el código por la siguiente linea, que hace uso de la clase ScriptManager:
ScriptManager.RegisterClientScriptBlock(this, this.GetType(), "key", "alert('hola');", true);
Ahora el script funciona ok, espero que les sirva.